Исаакиевский собор был заказан царем Александром I, чтобы заменить раннее стоящую на этом же месте церковь Винченцо Бренна, — четвертую по счету, построенную на этом месте с момента основания Петербурга. Специально назначенная комиссия рассматривала несколько проектов, в том числе проект французского архитектора Огюста де Монферрана (1786–1858), который учился в ателье Чарльза Персье — архитектора Наполеона. Некоторые члены комиссии раскритиковали дизайн Монферрана за сухой и якобы скучный ритм его четырех одинаковых фронтонных восьмиугольных портиков. Было также высказано предположение, что, несмотря на гигантские размеры, здание будет выглядеть приземистым и не очень впечатляющим. Члены комиссии, в состав которой входили известные российские архитекторы, также были особенно обеспокоены необходимостью строительства нового огромного здания на старом небезопасном фундаменте. Император, предпочитавший тяжелый ампирный стиль в архитектуре, вмешался и разрешил спор в пользу проекта Монферрана.
За собором числятся большое количество общеизвестных фактов.
Собор строили 40 лет — с 1818 по 1858 год. Строительство собора заняло так много времени, что оно оставило свой след — идиому в финском языке: rakentaa kuin Iisakinkirkkoa (строить как церковь Исаака), говоря о долгосрочных строительных проектах.
Чтобы обезопасить строительство, фундамент собора был усилен 25-ю тысячами свай, которые были вбиты в болотистую землю в месте строительства. А расходы на строительство собора составили невероятную для казны сумму в 23,26 млн рублей серебром.
Главный купол собора поднимается на 101,5 метра и покрыт чистым золотом. Купол украшен 24-я статуями ангелов работы скульптора Иосифа Германа. Эти ангелы были, вероятно, первыми большими скульптурами, произведенными тогдашним новым процессом электротипирования, ставшему альтернативой традиционному бронзовому литью скульптур.
Во время Второй мировой войны купол собора закрасили серой краской, чтобы не привлекать внимание самолетов противника. Сверху, в мансардном окне, была установлена геодезическая точка пересечения, чтобы определить позиции немецких артиллерийских батарей. Тем не менее, собор пострадал от бомбежек и артобстрела, на стенах и колоннах местами сохранены следы от снарядов.
Собор назван в честь святого Исаака Далматского, покровителя Петра Великого, который родился в день церковной памяти этого святого. В 1928 году советское правительство распорядилось превратить собор в музей, которым он и остается до сих пор.